Det er vigtigt, at det danske samfund får mest mulig værdi af de penge, fonden investerer i forskning og innovation. Derfor prioriterer Innovationsfonden ansvarlighed meget højt. Der er krav til alle projekter om samfundsengagement, gennemsigtighed, uddannelse og etik.
I modsætning til andre investorer kan eller skal Innovationsfondens resultater ikke nødvendigvis aflæses i aktiekurser eller årsregnskaber. Innovationsfondens resultater kan lige såvel aflæses sociale velfærdsforbedringer, øget velstand eller reduktion i CO2-udledning.